Ծնվել է հուլիսի 6-ին, Կ.Պոլսում, դրամագետ–հնագետի ընտանիքում։ Սկզբնական կրթությունը տեղի Չալըխյան վարժարանում ստանալուց (1830-1832) հետո ուսումը շարունակել է Վենետիկի Մխիթարյանների դպրոցում (1832-1841)։ Հետագայում աշխատել է Ռափայելյան վարժարանում որպես ուսուցիչ (1841-1850, ապա՝ 1866-1872), տեսուչ (1848-ից), «Բազմավեպ»ի խմբագիր (1849-1851), ուսուցիչ Փարիզի Մուրատյան վարժարանում (1859-1861)։ 1872 թվականից ամբողջովին նվիրվել է գիտական գործունեության։ Եղել է Ֆրանսիական ակադեմիայի Պատվո լեգեոնի դափնեկիր (1886), Ենայի փիլիսոփայական ակադեմիայի պատվավոր անդամ և դոկտոր, անդամակցել է իտալական և ռուսական գիտական ընկերությունների։ Մահացել է 1901 թվականի նոյեմբերի 9–ին և թաղվել Վենետիկի Ս. Ղազար կղզում։
Գրական ասպարեզ
Ալիշանը գրական ասպարեզ է իջել որպես բանաստեղծ։ Շարունակելով Մխիթարյանների գրական ավանդները՝ սկզբում գրել է կրոնական թեմաներով, գրաբարով։ Հայ ժողովրդի ազգային ինքնագիտակցության և համախմբման շրջանում, երբ ժողովրդի ազատագրական ձգտումները նոր մարմնավորում էին ստանում, Ալիշանի ստեղծագործությունը դարձավ դրա արձագանքն ու արտացոլումը։ Այդ երկերում, որոնք գրված են աշխարհաբարով, նա պատկերել է հայ ժողովրդի պատմական անցյալի հերոսական դրվագները։ 1847-1860 թվականներին «Բազմավեպ»–ում Նահապետ ստորագրությամբ Ալիշանը հրատարակել է մի շարք բանաստեղծություններ և պոեմներ («Ողբամ զքեզ, Հայոց աշխարհ», «Հրազդան», «Մասիսու սարերն», «Աշոտ Երկաթ ի ծովուն Սեւանայ»), որոնք նրա պոեզիայի բարձրակետն են։
Ալիշանն իր ուժերը փորձել է նաև գեղարվեստական արձակում՝ հրատարակելով «Յուշիկք հայրենեաց հայոց» պատմա–գեղարվեստական ստեղծագործությունը։ Հայ ժողովրդի հերոսական անցյալի օրինակավ նա երիտասարդ սերնդին սովորեցրել է սիրել հայրենիքը, չխնայել կյանքը նրա փրկության համար («Կարմիրն Վարդան»), գնահատել ու պահպանել ժողովրդի մշակույթը («Աբգար Դպիր»)։
Ալիշանի վերաբերմունքը հայոց լեզվի նկատմամբ ակներև է դարձնում հետևյալ մեջբերումը Ալիշանից. «Լեզուն կորսնցնելէ ետեւ եւ մանաւանդ անոր հանդեպ անհոգ ըլլալէն ետեւ մէկ ալ ազգային սովորութիւնք եւ յիշատակք եւ նշանք շուտով կը կորսուին»։
Տիրապետելով եվրոպական ու ասիական բազմաթիվ լեզուների՝ Ալիշանը կատարել է մի շարք թարգմանություններ։ Նա եղել է հայ ժողովրդական բանարվեստի առաջին գնահատողներից և բանահավաք–ուսումնասիրողներից։ «Հայոց երգք ռամկականք» (1852) ժողովածուն մեր գիտական բանագիտության առաջին աշխատություններից է։ Իր լավագույն ստեղծագործություններով Ալիշանը հաղթահարել է կլասիցիզմը և ուղի հարթել ռոմանտիզմի համար՝ դառնալով այդ ուղղության հիմնադիրներից մեկը հայ գրականության մեջ։
Կոչ անելով հայությանը «զէնքն ի ձեռին» ազատագրել հայրենիքը, պայքարով ձեռք բերել սեփական ազատությունն ու անկախությունը՝ Ալիշանը, սակայն, ապագա Հայաստանի հասարակական–քաղաքական կառուցվածքը պատկերացրել է որպես լուսավորյալ միապետություն («Յուշիկք...»–ի «Ըսկիզբն տարւոյ և մարդկութեան ի Հայս», «Աշոտ Ա և Հայաստան հազար տարի առաջ» գլուխները)։
Գիտական ասպարեզ
Գիտական հոդվածներով Ալիշանը հանդես է եկել 1843 թվականից՝ «Բազմավեպի»–ի էջերում։ «Տեղագիր Հայոց Մեծաց» (1855) աշխատության մեջ տեղագրել է պատմական Հայաստանի գավառները, տվել նրանց համապատասխան գիտա–աշխարհագրական բնութագրությունը։ Ալիշանը նախատեսել էր գրել պատմական Հայաստանի բոլոր 15 նահանգների մասին պատմա–աշխարհագրական բնույթի աշխատություններ, որոնք պետք է զետեղվեին 20-22 մեծադիր հատորներում։ Շարքի առաջին գործն է «Շիրակ»-ը (1881), որտեղ Ալիշանը, բնավ Հայաստանում եղած չլինելով, հանգամանալից քննության է ենթարկել այդ գավառի պատմությունն ու աշխարհագրությունը։ Այնուհետև իրար են հաջորդել «Սիսուան» (1885), «Այրարատ» (1890) և «Սիսական» (1893) աշխատությունները, որոնք չհնացող կոթողներ են հայագիտության գանձարանում։ Այդ գործերում Ալիշանը մասնագիտական մանրակրկիտությամբ տեղագրել է Հայաստանի պատմական նահանգներ լեռները, գետերը, լճերը, ձորերը, արժեքավոր տեղեկություններ հաղորդել քաղաքներում, շեներում ու գյուղերում եղած մեծ ու փոքր պատմական հուշարձանների մասին։ Նրա տեղագրական երկերում հավաքված են բազմաթիվ մեծարժեք նյութեր հայկական վանքերի, զանազան հուշարձանների վրա եղած արձանագրություններից, ամփոփված են իր նկարագրված բոլոր արձանագրությունները։ Ալիշանը հետևել է ժամանակին լայն տարածում ստացած «աշխարհագրական ուղղությանը», ըստ որի մարդկային հասարակության զարգացման հիմնական ազդակը աշխարհագրական միջավայրն է։ Նրանով են պայմանավորվում երկրների ու ժողովուրդների միջև եղած տարբերությունները։ 1881 թվականին Վենետիկում կայացած աշխարհագրագետների համաշխարհային երրորդ կոնգրեսում Ալիշանը կարդացել է «Հայկական աշխարհագիտություն» թեմայով զեկուցում, որտեղ, ի թիվս Հայաստանի աշխարհագրության հետ առնչվող բազում հարցերի, պաշտպանել է այդ տեսությունը։
Ուշագրավ է Ալիշանի «Հայբուսակ կամ հայկական բուսաբառություն» (1895) աշխատությունը, ուր հավաքել, դաս–դասել և գիտականորեն բնութագրել է հայկական բնաշխարհի ավելի քան 3400 բույսեր ու ծաղկատեսակներ։
Իր գիտական հսկայական ժառանգությամբ (ավելի քան 45 հատոր), Ալիշանը մեծապես նպաստել է հայրենական գիտության զարգացմանը։ Նրա գործերից շատերն այսօր էլ ունեն ճանաչողական արժեք և սկզբնաղբյուրի նշանակություն։