Գուրգեն Մահարու տոհմական ազգանունը Մուրադխանյան է։ Գորգավաճառությամբ զբաղվող նրա նախնիները սերում են Պարսկաստանից։ Վանում նրանք կնքվել են Աճեմյան ազգանունով, որ կազմված է «աջեմ» կամ «աջամ» բառից, որ արաբերեն նշանակում է «օտարածին» թէ «պարսկաստանից»։
Գուրգեն Մահարին ծնվել է 1903 թվականի օգոստոսի 1-ին (նոր տոմարով՝ 14) Արևմտյան Հայաստանի Վան քաղաքում։ Գ. Մահարին դեռ 8 տարեկան էր, երբ նրա քեռին իբր թե պատահական արձակված կրակոցից սպանում է հորը։ Նախնական կրթությունը ստացել է տեղի «Նորաշեն» և «Երեմեան» վարժարաններում։ 1915 թվականի Վանի հերոսամարտից հետո գաղթել է Արևելյան Հայաստան։ Գաղթի ճանապարհին պատանի Գուրգենի քեռին լքում է սեփական մորը, քրոջն ու քրոջ ընտանիքին՝ նրանց թողնելով բախտի քմահաճույքին, ապա մահանում է Գուրգենի տատը։ Արևելյան Հայաստանում Մահարին մեծանում է Երևանի ու Դիլիջանի որբանոցներում և հետագայում սովորում Երևանի պետական համալսարանի պատմա-լեզվագրական ֆակուլտետում։ Մի քանի տարի անց նա գտնում է իր կորած մորն ու մյուս հարազատներին։
1918 թվականից բանաստեղծություններ է տպագրել «Աշխատանք», «Վան-Տոսպ» և այլ թերթերում։ Գ. Մահարին որբանոցային կյանքի թափառումների մասին պատմել է «Պատանեկություն» վիպակում։ 1935 թվականին Գ. Մահարին ամուսնացել է մի հայուհու հետ։ 1936 թվականին ծնվել է նրանց որդին՝ Գրիգորը։ Ցավոք, գրողին վիճակված չէր ընտանեկան երջանկություն։ Նրա գրական գործունեությունն ընդհատվում է 1936 թ. oգոստոսի 9-ին, երբ անհիմն մեղադրանքով ստալինյան բռնաճնշումների արդյունքում նա դատապարտվել է 11 տարվա բանտարկության և հայտնվել հեռավոր Սիբիրի կալանավայրերում։ Առաջին բանտային աքսորից Գ. Մահարին վերադարձել է 1947 թ., երբ արդեն մահացել էր նրա մայրը, իսկ կինը հրաժարվել էր նրանից։ Բանտային աքսորից վերադառնալուց ուղիղ 444 օր հետո՝ 1949 թ., Գ. Մահարին կրկին աքսորվել է Սիբիր որպես անբարեհույս տարր, բայց այս անգամ իբրև ազատ աքսորյալ։ Այս անգամ նրան թույլատրվել է կարդալ ու գրել։ Աշխատել է որպես խոզապահ և միաժամանակ գրել է «Երիտասարդության սեմին» վիպակը։ Այս աքսորի ժամանակ էլ նա ծանոթացել է իր երկրորդ կնոջ՝ լիտվուհի Անտոնինա Պովիլայտիտեի հետ։ Նրանք ամուսնացել են 1952 թ., ունեցել մեկ որդի՝ Գուրգեն կրտսերը, որը մահացել է պատանի հասակում և մեկ դուստր՝ Ռութա-Նազիկը, որը հիվանդությունից մահացել է մանուկ հասակում։
1953 թվականին Գ. Մահարին կնոջ և ուրիշ հայ գրողների հետ (Վահրամ Ալազան, Վաղարշակ Նորենց) արդարացվել է և վերադարձել Երևան, որտեղ ապրել ու ստեղծագործել է մինչև մահը։
Այդ տարիներին նա գրել է իր ամենահայտնի ստեղծագործությունները՝ «Ծաղկած փշալարեր» վիպակ-հուշագրությունը (հրատարակվել է 1986 թ. Բեյրութում, այնուհետև՝ 1988 թ. Երևանում) և «Այրվող այգեստաններ» վեպը (1966)։ 1959 թվականինին լույս են տեսնում Մահարու «Հնձաններ» բանաստեղծությունների, 1962 թ.՝ «Լռության ձայնը» պատմվածքների ժողովածուները։ Մահարին գրել է նաև «Մարդը՝ մարդուն...», Կոմիտասին նվիրված «Երգ մահու և անմահության» թատերգությունները, «Չարենց նամե» (1968), «Այս հմուտ, հանճարեղ լոռեցին» (1971), «Վիլյամ Սարոյանի հետ» (1960), «Արծիվ Նաիրի» (1960), «Վարդան Աճեմյանի հետ» (1966), «Ակսելյան քանդակներ» դիմանկարանյին-հուշագրական գրքերը։ Նրա կյանքի վերջին տարիները խաղաղ չեն անցել։ «Այրվող այգեստաններ» վեպի լույս տեսնելուց հետո (1966) Մահարին հակադրվում է վեպը կարդացած վանեցիներին, որոնք նրան մեղադրում էին Վանն ու վանեցիներին ծաղրելու մեջ։ Նրան սուր քննադատության են ենթարկում նաև գրողները։ Հոգեկան ծանր ապրումներն ու աքսորավայրերում քայքայած առողջությունը տեսնում են իրենց գործը։ Մահարին ծանր հիվանդանում է և բուժման համար տեղափոխվում Լիտվայի Պալանգա առողջարանական քաղաք, որտեղ էլ նա կնքում է իր մահկանացուն 1969 թվականի հուլիսի 17-ին, 66 տարեկան հասակում։
